لكن السلطة الفلسطينية لم تتوانى بين الفينة والأخرى عن اعتقال المقاومين والمناضلين الفلسطينيين من فصائل العمل الوطني المختلفة بتهمة مقاومة الاحتلال الإسرائيلي، ففي أعقاب معظم العمليات العسكرية التي ينفذها مقاومون فلسطينيون كانت السلطة الفلسطينية تقوم بحملات من الاعتقال ضدهم استجابة للضغوط الأميركية والإسرائيلية، حتى تحولت أجهزة الأمن الفلسطينية إلى قوات لتعقب المناضلين الوطنيين.
وبلغت السلطة ذروة تماديها وتنكرها لنضال شعبنا المشروع، عندما أقدمت على اعتقال وملاحقة قيادات وكوادر الجبهة الشعبية في الضفة الغربية وقطاع غزة، في أعقاب رد الجبهة الشعبية على تجرؤ إسرائيل السافر على القائد الوطني والقومي الرفيق الأمين العام أبو علي مصطفى الذي استهدفته بالاغتيال في 27 اغسطس2001.

وكانت الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين أعلنت مسئوليتها عن اغتيال وزير السياحة الإسرائيلي رحبعام زئيفي أحد رموز التطرف الصهيوني، واشد المناصرين لطرد الفلسطينيين وترحيلهم، في السابع عشر من أكتوبر 2001.
ولم تكتف أجهزة الأمن الفلسطينية باعتقال أكثر من 30من قادة وكوادر الجبهة، بل أمعنت أكثر من استرضائها اللامحدود لإسرائيل وأميركا، فدبرت مكيدة دنيئة لاعتقال الرفيق الأمين العام احمد سعدات في 15يناير2002.
ومنذ ذلك الحين وسعدات ورفاقه الأربعة معتقلون في سجن المقاطعة في رام الله، الذي نقلوا منه اثر صفقة مشبوهة مع قوات الاحتلال إلى سجن آخر في مدينة أريحا ليقبع سعدات ورفاقه هناك تحت رقابة اميركية بريطانية.

ورغم احتجاج الجماهير الفلسطينية التي خرجت في مسيرات حاشدة للتنديد باعتقال شرفاء الوطن، وكل فصائل المقاومة التي أكدت أن اعتقال السلطة للأمين العام تجاوز لكل الخطوط الحمراء.
وهددت معظمها بتنفيذ عمليات عسكرية في عمق الكيان الصهيوني ردا على عملية الاعتقال.
كما اعتبرت الجبهة الشعبية اعتقال سعدات مرحلة جديدة قد تضع السلطة في حال مواجهة شاملة مع كل الفصائل، إلا أن السلطة الفلسطينية لم تلق بالا لكل ذلك.
ورغم إحالة قضية الرفيق احمد سعدات إلى النيابة العامة، وانعقاد محكمة العدل العليا الفلسطينية، وإصدارها قرارا يقضي بإطلاق سراحه الفوري، إلا أن مجلس وزراء السلطة الفلسطينية رفض تنفيذ قرار المحكمة، تحت ذريعة حماية الرفيق من الاغتيال أو الاعتقال.
وبقى اعتقال الرفيق سعدات وهو ارفع مسؤول سياسي تقدم السلطة على اعتقاله، وصمة عار في جبين السلطة الفلسطينية، وسيبقى طالما استمرت في تجاهل كل الأصوات المطالبة بالإفراج عنه.

وقبل ذلك كانت السلطة قد اعتقلت الأمين العام لحزب الخلاص الوطني الإسلامي من مكتبه في مدينة غزة بطريقة غير قانونية من قبل جهاز الاستخبارات العسكرية غير المخول بتنفيذ مثل هذه الاعتقالات، وهو الأمر الذي جعل عناصر الحزب يعتقدون أنهم قوات خاصة إسرائيلية جاؤوا لاختطاف امينهم العام فاشتبكوا معهم في مواجهات مسلحة دامية.
كذلك سبق ذلك أيضا حملة من الاعتقالات إزاء عدد من كوادر ونشطاء الجهاد الإسلامي وحماس والجبهتين الشعبية والديمقراطية، أسفرت أيضا عن مواجهات بين المواطنين وأنصار هذه الفصائل وبين عناصر أجهزة الأمن الفلسطينية.
وكانت آخر هذه الاعتقالات، اعتقال الرفيق جبر فواز الأخرس من مخيم يبنا في مدينة رفح، والذي يعمل في بيت لحم، وذلك على خلفية اتهامه بتنفيذ العملية البطولية ضد حاجز إسرائيلي في طريق الأنفاق والتي قتل فيها جنديين صهيونيين في 18/11/2003.

إضافة اعتقال الشرطة الفلسطينية بالتعاون مع الأمن الداخلي ستة فلسطينيين، ثلاثة منهم من لجان المقاومة الشعبية، ومثلهم من الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين، على خلفية العملية العسكرية التي استهدفت ثلاثة من عناصر وكالة الاستخبارات المركزية الأمريكية (C I A) شمال قطاع غزة قتلوا صباح يوم الأربعاء 15/10/2003م عندما انفجرت السيارة التي يستقلونها لدى مرورها في شارع صلاح الدين قرب محطة وقود حمودة قرب حاجز بيت حانون شمال قطاع غزة. أفرجت السلطة عن معظمهم لاحقا بكفالات مالية.
يذكر أن تقرير جديد أصدرته منظمة العفو الدولية، أكدت فيه أن "السلطة الفلسطينية قوضت سيادة حكم القانون بتحديها لقرارات المحكمة العليا الفلسطينية القاضية بالإفراج عن عدد من السجناء، وتجاهلت دعوات المجلس التشريعي الفلسطيني، ومنظمات حقوق الإنسانية المحلية منها والدولية علاوة على عدد من المواطنين الفلسطينيين الداعية إلى الإفراج عن السجناء المحتجزين خارج نطاق القضاء".

وكان عدد كبير من منظمات حقوق الإنسان الفلسطينية والعربية والعالمية نددت باعتقال السلطة لسعدات، وبنهج السلطة إزاء ملف الاعتقال السياسي الذي تعهدت بإغلاقه مرارا.
وجددت الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين في ذكرى انطلاقتها السادسة والثلاثين مطالبتها السلطة الفلسطينية بالإفراج الفوري عن الرفيق سعدات ورفاقه.
وطالبت الجبهة المؤسسات الشعبية والقانونية والغيورين على المصلحة الوطنية وكرامة الإنسان الفلسطيني اتخاذ موقف جاد إزاء استمرار اعتقال الرفاق.
ودعت قادة الأحزاب الوطنية والديمقراطية العربية ومناهضي العربدة الأميركية في العالم وشرفاء فلسطين في الوطن والشتات إلى رفع الصوت عاليا ضد استمرار اعتقال القائد الوطني المناضل احمد سعدات الأمين العام للجبهة الشعبية لتحرير فلسطين.